En cuanto a las críticas que han generado los planteamientos de la justicia transicional y el temor de muchos colombianos sobre la impunidad que se podría vivir al entrar en vigencia, el ministro de Justicia indicó que “en estos momentos cumple con todos los estándares internacionales e incluso es la primera vez que dos partes que están en una mesa de dialogo se unen para crear una jurisdicción a sabiendas que van a existir sanciones, los estándares de la comunidad internacional declaran que tiene que haber reconocimiento de las víctimas y reparación así como el expreso compromiso de no volver a repetir las acciones”. 

En cuanto a la polémica suscitada por la captura de Santiago Uribe, Yesid Reyes explicó que “desde el punto de vista del Gobierno solo podemos decir que son decisiones de la Fiscalía y nosotros no tenemos ninguna competencia sobre sus decisiones, invitamos a Santiago Uribe a ejercer las herramientas que la ley le brinda para su defensa”. 

Frente a la reforma a la justicia que se ha venido anunciando en pasados meses y la perpetuación del Consejo Superior de la Judicatura, Reyes puntualizó que “el año pasado empezó a conformarse el nuevo Consejo del Gobierno Judicial de acuerdo a las previsiones de la llamada reforma de equilibrio de poderes pero se demandaron dos de las elecciones primero de jueces y magistrado y después de técnicos, las demandas están pendientes por resolver y no se puede continuar con el proceso hasta que el Consejo de Estado no les dé tramite”. 

Además añadió que “este no es un funcionamiento transitorio sino el que ha tenido la Rama Judicial desde la reforma constitucional del 90 y está operando en este momento, la reforma dice que seguirá operando hasta que se designe un gerente, en ese momento desaparecerá el Consejo Superior de la Judicatura”. 

Por otra parte aclaro como trabajará el Tribunal para la Paz frente a las competencias de las Altas Cortes e indicó que “hay una labor muy importante que se tiene que hacer porque todos los insumos con que se trabajan para la paz vienen de esta jurisdicción ordinaria. La Fiscalía General de la Nación tiene que agrupar y organizar la información para la jurisdicción especial para la paz, esta podrá revisar las sanciones que ya se tomaron para acomodarlas a la jurisdicción especial, esto es una justicia integral porque debe quedar estipulado que las personas que cometieron delitos bajo el ámbito del conflicto sean juzgados bajo estos parámetros”.