Se ha dedicado a estudiar la relación entre patógenos y células a nivel molecular, también virus entre los que más ha estudiado está el del VIH, Hepatitis B, Clamidia y con las herramientas desarrolladas para el estudio de los mismos, hacia el patógeno que causa el COVID que es el SARS-CoV-2 por lo cual  el doctor biofísica colombiano, Juan R. Perilla, como resultado a la dedicación al estudio de estos temas, junto a su equipo de trabajo han recibido una ayuda estatal de USD$200.000 para soportar la investigación.  La idea es tratar de entender, a nivel molecular, como funciona el virus.  

En cuanto al tamaño del virus, medida que se toma en nanómetros y comparándolo con otros es medianamente grande pero no llega al tamaño de una bacteria, es un poco más grande que el de la influenza.

Cada tipo de virus es comparable a una huella dactilar, está codificado en su material genético y material epigenético, cambios que ocurren a través de los ciclos reproductivos del virus, para entender las diferencias entre el SARS-CoV-1 y EL SARS-CoV-2, sus diferencias pueden ayudar a entenderlo, siendo virus con personalidades diferentes.

Las “coronas”, que son las que le dan el nombre al virus, son una serie de proteínas que tienen una decoración de azúcares complejas que son las que le dan especificidades al virus lo que le permite reconocer ciertos receptores en las células y esto con lleva a la necesidad de entender la estructura atómica de la proteína, siendo muy difícil, con este en particular por que su flexibilidad le permite ser muy ágil, es en este punto en particular donde el trabajo del físico Juan R. Perilla es de altísimo valor.

Si bien el genoma te da la información de cómo está conformado pero hay que estudiarlo para saber cómo funciona cada parte, que función cumple y cómo se correlaciona con el resto.

Gracias a la simulación atomística el equipo de trabajo del doctor Perilla está permitiendo conocer el trasfondo de la conexión del virus con las celular y el computador Frontera, de la Universidad de Texas en Austin, le permite a investigadores, como ellos, comenzar a desarrollar un modelo informático del coronavirus de 200 millones de átomos que esperan que den una idea de cómo se infecta en el cuerpo.

Para Juan R. Perilla, los virus sí están vivos, lo considera un tema más filosófico, pero como biofísico analiza el ciclo de vida del virus.