El fallo de la Sección de Apelación de la Jurisdicción Especial para la Paz (JEP) declaró como un crimen de guerra y de lesa humanidad la Masacre de San José de Apartadó, registrada entre el 20 y el 21 de febrero de 2005. En la acción llevada a cabo por paramilitares, con cooperación de varios integrantes del Ejército, fueron asesinadas ocho personas, entre ellos cuatro menores de edad.

En la decisión se advierte la gravedad de los hechos que se presentaron en el Urabá antioqueño, una región marcada por la violencia y la lucha por el territorio entre grupos armados ilegales.

El 15 de febrero de 2005, en el desarrollo de la denominada Operación Fénix, adelantada por la Brigada XVII del Ejército, se realizó una avanzada hasta la zona conocida como Cerro Castañeda, lugar en el que se juntaron con paramilitares del Bloque Héroes de Tolová.

El 21 de febrero, los paramilitares asesinaron con machete a Luis Eduardo Guerra Guerra; a su hijo de once años, Deiner Andrés Guerra Tuberquia, y a la compañera sentimental de Luis Eduardo, Beyanira Areiza Guzmán, de 17 años, quienes fueron retenidos, interrogados y torturados en el sitio rural de su retención, en cerca del río Mulatos.

El mismo día, los paramilitares se encontraron con una casa la cual creyeron que estaba ocupada por guerrilleros y la atacaron con armas de fuego. En esa acción murieron Alejandro Pérez Castaño y Sandra Milena Muñoz Posso. Después del ataque, revisaron la residencia y hallaron sin vida a dos niños Natalia de cinco años y Santiago de dos años.

Alfonso Tuberquia, llegó minutos después a su vivienda, pero los paramilitares desatendieron sus llamados y lo ejecutaron junto a su hija e hijo con el uso de armas cortantes, para luego desmembrarlos y sepultarlos en fosas comunes. Según las pruebas recolectadas, los militares escoltaban a los paramilitares a 20 minutos de distancia, aproximadamente, y no reportaron la muerte de los civiles luego que sucediera la masacre, sino que continuaron con el patrullaje.

Después de cinco días, agentes de la Fiscalía realizaron una inspección en la zona tras los llamados de los habitantes de la región. En ese momento se encontraron con los cadáveres de la escalada paramilitar.

El teniente coronel Orlando Espinosa Beltrán, excomandante del Batallón de Infantería No. 47, condenado por la Corte Suprema de Justicia a 34 años de prisión por los delitos de homicidio en persona protegida, actos de barbarie y concierto para delinquir agravado, se sometió a la JEP en 2019, pedía que se precluyera el caso al considerar que se habían superado todos los tiempos para tomar una decisión de fondo sobre su situación jurídica.

En la decisión final, se ordenó “recalificar” las conductas de homicidio en persona protegida y de concierto para delinquir agravado que se le imputan al señor Orlando Espinosa Beltrán, con ocasión de la masacre contra integrantes de la comunidad de San José de Apartadó como crímenes de guerra y crímenes de lesa humanidad, debido a esto, se declara su imprescriptibilidad.